W Strukturze organizacyjnej Spółki DPIN S.A. funkcjonują:

1) Departament ds. Organizacji,
2) Departament Finansów,
3) Departament ds. Innowacji i Współpracy Gospodarczej,
4) Departament Projektów Regionalnych.
 

W ramach Departamentów tworzy się:
1) Działy
2) Samodzielne stanowiska pracy.
 

Ponadto w strukturze Spółki DPIN S.A. funkcjonuje również Księgowość. Obowiązki związane z realizacją zadań świadczone są przez firmę zewnętrzną.